Прилетаем в Сингапур без визы на 3 дня.Дальше планируем в Малайзию автобусом,не возниклит ли проблем на таможни?

Если ничего не путаю, то безвизовый транзит 4 дня только для самолета доступен

До таможни не доберетесь , на границе развернут . Из Сингапура только улететь можно

Читайте правила VFTF. Вас просто не посадят на рейс в Сингапур без визы при таком раскладе как вы описали.

Не прилетите даже (это вполне возможно) - вас не посадят на рейс в Сингапур с длительной остановкой здесь и без авиабилета в третью страну.