Я гражданин РФ,заехал 1 марта в Казахстан,выехал 16 мая,сегодня заезжал обратно,на границе сказали что мне осталось находится 76 дней,почему так,разве не должно быть меньше

90 дней безвиз

Вы не так поняли или он оговорился. Он вам назвал сколько дней вы уже пробыли. У них база не показывает сколько вам осталось. А сидеть и считать они точно не будут.