Подскажите можно ли подать на визу через визовый центр в Новосибирске? в статистике выдачи тоже все через мск или Санкт Петербург получают.

Я не из Новосибирска, но не очень понятно, что Вас смущает. Визовый центр не выдает визы. Это посредник, который занимается приемом документов и отправляет их в Москву, в Посольство Португалии, но не влияет на процесс выдачи визы. Какая статистика здесь может быть? В Новосибирске официальный визовый центр, информация о нем размещена на сайте BLS. Как и в некоторых других городах. Например, в Екатеринбурге, где в феврале-марте тоже можно было записаться на прием на следующий день (как сейчас, не знаю).

Консульство Португалии только в Мск есть. Даже из Спб документы визовые центры отправляют туда курьерской службой. Неужели в Новосибе нет визового центра Португалии?