У меня французская виза, но полететь нужно в Италию, поэтому взяла билеты с въездом в Лион, потом этим же днем в Рим.

Как по мне, им важен факт того, чтобы Вы покинули их страну. Поэтому, если у Вас есть билет до Рима, то проблем не должно быть. На мой взгляд.

Если у вас уже были поездки во Францию по этой визе, то проблем не возникнет.