Работают ли еще в России туристические компании, которые готовят именно туры и визы в Грецию в целом? и можете ли порекомендовать такие?

Компании работают. Всё как и раньше. Обращаетесь к туроператору. Покупаете тур, собираете документы по списку и они (туроператор) передают их в ВЦ вашего региона.

Главное чтобы они предоставили вам правильный, актуальный на сегодня, список документов