Планирую релокацию с питомцем. Подскажите пожалуйста, свидетельство формы 5а действительно 90 дней с даты выдачи или с даты прилёта в другую страну?

С даты выдачи. И действительно для российской ветслужбы для возвращения в рф, а не мотаний по миру. Некоторые страны при въезде его забирают, поэтому делайте копии.