Подскажите пожалуйста, если получили визу в Японию, но не получается полететь, можно ли будет в будущем получить снова визу и это не проблема или это может стать причиной отказа?

Можно, конечно. Ничего страшного, вы не обязаны визу использовать

Нет. Основные причины отказа сейчас - мало денег на счете и не приложил справку с работы, указал что безработный и не смог доказать и не там где надо проживал.