Подскажите, лететь лучше в Алматы по внутреннему российскому паспорту или заграннику? Или разницы нет? А пограничники они и есть миграционники? Или что они видят? Что они проверяют?

Лучше по загранпаспорт если будете менять валюту то только по заграну

Они видят когда и по какому паспорту вы въехали. Единая база по кз по любому кпп

В принципе - без разницы, если вы не собираетесь получать банковские карты. Разве что, в загран вам поставят штамп, во внутренний паспорт - нет.