Гражданину Казахстана в МФЦ в РФ только по месту жительства можно поставить отметку?

да,по месту жительства или пребывания в РФ, есть нет регистрации,то обратитесь в МФЦ или МВД по месту вашего нахождения в РФ

Это не в МФЦ, а в МВД делается.