Как в Греции с Крита на Патры попасть? Только через Пирей? Имею в виду по воде.

Можно до Ханьи на автобусе, а оттуда уже паром Патры

Быстрее и удобнее - да, через Пирей. Есть ещё с Киссамо на Гитио (Γύθειο), но вроде не каждый день и с заездом на Кисиру.