Подскажите, какая сумма необходима со счета для визы в Японию? И могу ли я просто со всех карт забросить на один счет и все? Или там какое-то время хранить надо?

Можете забросить на один счет, сделать с него справку на актуальную дату о доступном остатке, на момент сдачи доков лучше сохраняйте деньги на счету, если вдруг, попросят показать приложение с остатком. 100 долларов на день поездки.

Хранить не надо до даты оформления справки, это не движение средств.