Подскажите, есть ли в Таллинне на автовокзале или поблизости банкомат, чтобы оставшиеся наличные евро закинуть на карту? Или какой то обменник?

Смотря какая карта. Револют и другие финтехи не принимают нал.

На автовокзале есть банкомат шведа и лхв, но я не помню они на выдачу или на прием)

У Вас прям много, что ли? До ста евро спокойно относятся, да Вы и не афишируйте сами. На Койдуле более адекватное отношение к этому, как кажется.

недалеко от автовокзала есть торговый центр "Sikupili" - там есть обменник