Доброй ночи ,может кто сталкивался подскажите пожалуйста можно ли с Омска в Казахстан, в Астану вылететь по российскому внутреннему паспорту а из Астаны в Баку по молдавскому загранпаспорту для последующего возвращения в Молдову ?

Если молдавский - загран, а не внутренний - то можно. Главное номер документа в билете и номер документа, предъявляемого при посадке должны совпадать

Сложный вопрос, как правило прилет и вылет через пограничный контроль осуществляется по одному и тому же паспорту, иначе можно влететь на статью УК о незаконном пересечении госграницы. Ну или на длительные разборки с погранслужбой на предмет доказывания, что это одно то же лицо въехало, а теперь выезжает