Проконсультируйте пожалуйста, подаём на визу во Францию с маршрутом через Букинг, но планируем ( не для визового центра)

Для визы Франции указываете только Францию. После получения визы на паспортном контроле могут быть вопросы по поездке, готовьте обратный билет из Шенгена и брони отеля во Франции. В Германию из Франции лучше отправиться на поезде, так как в аэропорту Германии бывают выборочные проверки чаще, чем в поездах. Основное условие для пограничника: большую часть путешествия Вы должны провести во Франции, если вдруг на границе решите рассказать и о Германии.

Я бы поехала поездом. Тогда штампа пересечения границы не будет и невозможно будет посчитать сколько дней вы были во Франции.