Если получить отказ в визе США, то потом куда ни подайся, везде надо будет указывать отказ в визе США? Отказ отдельным документом выдают или в паспорте отметку ставят?

В паспорте не будет отметок, но у них в системе будет. И в анкете на визу тоже есть вопрос про отказ, врать не стоит про это.

Просто отдают паспорт и типовую бумажку с кодом отказа. Анкета и комментарии визового офицера о вас будут хранится условно вечно. Может влиять на канадскую визу, в остальном вроде никто не узнает.