Первый раз летим самолётом в Молдову, подскажите через что лучше лететь и через какой агрегатор покупать билеты?

Выбирайте нужную вам дату и сравнивайте цены. Один и тот же рейс, в разных приложениях стоит по разному.

Флайоан не летает ежедневно.

Хороший ценник у Пегасус

Баку и Ереван были дешевле. Турция была дороже. Через любой агрегатор можно. Смотрите по дням недели - если более дорогие дни, есть более дешевые.

Самый надёжный способ это Pegasus единым билетом.

Прямых рейсов из Москвы в Кишинёв нет, все с пересадками. Обратите на это внимание. Самые дешёвые с двумя пересадками, но, не думаю, что вы выдержите такую муку с общим временем перелёта в 34 часа. Берите билеты максимум с одной пересадкой, желательно одной авиакомпании. Проверенные Azal и Turkish Airlines. Ищите билеты на сайтах вышеуказанных авиакомпаний, на других площадках цена может быть выше.

Сейчас подешевле имеет смысл через Турцию раздельно в Стамбул и Стамбул в Кишинев, соответственно в Стамбуле должно быть время, чтобы получить багаж и зарегистрироваться на следующий рейс.