Подскажите пожалуйста. Я гражданин РФ. Въехал в КР по загранпаспорту РФ из РФ. Стал гражданином КР. Но выезжал по загранпаспорту РФ обратно в РФ. Это нарушение? Я так понял должен был уже выезжать по документу КР.

Да, лучше было по КР выезжать

В вашем случае это абсолютно нормально и правильно. Специально уточняли этот вопрос в погранслужбе КР. Но. Имейте ввиду. В следующий раз вы должны въехать в Кыргызстан только по паспорту Кыргызстана, а потом по нему же и выезжать.