Подскажите пожалуйста, если пересадка в Шанхае 5 часов, для регистрации на рейс в Японию нужно выходить в грязную зону или можно где то в транзитной зоне зарегистрироваться? Летим разными компаниями и без багажа.

Смотря какая авиакомпания. У Истернов, вроде бы, в дневное время работает стойка регистрации в транзитной зоне

Можно в транзитной зоне.

У нас примерно такой же сценарий перелёта. Мы выходили в грязную зону, поспали немного в аэроотеле и потом снова проходили контроль. Но у нас был багаж.