При подаче уведомления через вызово-миграционный портал, было указано, что данных о пересечении границы нет. Что можно сделать ?

значит база ЕИС Беркут ещё не обновилась)

попробуйте чуть позже подать уведомление или в понедельник

данные вносите документа по которому пересекали границу?

У них в последнее время задержки с базами.

Пересекал границу в воскресенье. В понедельник была та же ошибка.

В первый рабочий день (в среду) все прошло без проблем.