По маршруту Япония — какой-то город в Китае — Чунцин — Москва можно будет в Чунцине получить безвизовый транзит?

Сначала вы его получаете «в каком-то городе в Китае», а потому уже едете в Чунцин. Поэтому смотрите список разрешенных городов.