Подскажите, пожалуйста, мне дали визу на 3 месяца. Могу я в течение трёх месяцев посетить Японию по этой визе два раза?

Нет,это не на три месяца вам дали,это период въезда

Посмотрите количество дней пребывания и количество выездов. Даже 90 дней сингл - это однократно въезд. Мульти дают на 1 или три года с пребывание 30, реже 15 дней за один раз