Хотела уточнить, насколько может плохо сказаться на визе, если я еду во Францию - Ницца, но планирую влетать через Милан? Хотела сразу купить билеты, чтобы показать их консулу , когда буду документы отдавать.

А зачем? Французы не требуют авиабилеты вообще, можно подаваться с маршрутным листом вместо авиабилетов

Купите билеты, если так хотите, но французам не нужны билеты, их официально заменяет маршрутный лист. Укажите в мл рейсы во Францию и из нее