Подскажите, пжл, как такое может быть: прямой рейс Питер - Шанхай намного дороже, чем рейс Питер - Пекин с пересадкой в Шанхае при том, что вылет из Питера в одно и то же время и одной и той же авиакомпанией.

Да, так можно, но очень важно учесть 2 вещи:

1. Багаж нужно регистрировать до Шанхая, обязательно на стойке регистрации это уточнить, предполагаю, что не нужно брать короткую пересадку для этого

2. Брать билет строго в одну сторону, потому что если вы выйдете в Шанхае, а билет будет Спб-Шанхай-(Пекин)-Спб, то цепочка после Шанхая прервется и обратный билет аннулируется

Нормальная практика.

Обратный билет аннулируют