Подскажите пожалуйста, как сотрудники посольства при подаче документов на визу в Японию через представителя могут убедиться в том, что представляемых находится на территории России?

Самое простое и, собственно, как я понимаю с чего у них могут закрастьсч сомнения, что вы не в России - незакрытый выездной штамп из России.

Если у вас два паспорта и вы сдаете тот, где все красиво оформлено и все штампы стоят то, по идее, у них нет оснований считать, что вы не в РФ

Ну и не забывайте, что нужен оригинал справки из банка, которую можете получить только вы (или по нотариальной доверенности)