Подскажите пожалуйста- в каких медцентрах в Питере можно сделать справку от врача и флюорографию для получения визы ЮАР (спец. форма с сайта). Или нужно идти в госучреждение и просить их сделать по нужной форме?

скорее всего, по месту жительства, в поликлинике (зачем вам платить?). Да, можно показать им форму, если там что-то отдельное. Хотя, возможно, они делают, как делают (но и в частной клинике никто вам не будет делать по специальной форме), а вы потом уже переводите на английский. И вот переводчик как раз и сделает по форме, которую вы ему покажете.