Я правильно понимаю, если я ввез в Японию наличкой допустим пару тысяч долларов то максимум я могу обратно вывести, только сумму эквивалентную 100к йен ?

Правильно

официально да, суммарно любой валюты на сумму не более 100к в йенах

но в целом не проверяют и верят на слово

но и обратные прецеденты были вроде как)