Подскажите пожалуйста, в аэропорту Баку , можно расплачиваться манатами , или только евро ( в дьюти фри ) ?

Можно, конечно

К оплате принимают манаты, доллары и евро. И даже одну покупку ( как было у меня) рассчитать по частям в разной валюте