Подскажите пожалуйста, можно ли вывозить из России колонку Алиса в ЕС через Эстонию?

Нельзя

Вывозить из России можно, ввозить в Европу нельзя, если увидят, отберут и оштрафуют.

Если вам очень критично вывезти, пробуйте маршрут через Польшу, пока польские таможенники лояльны. Иначе лучше оставьте ее в России.

Через эстонскую границу соблюдение санкций в приоритете- тут достаточно строго.