Смогу ли я из Москвы улететь в Алматы если в паспорте отсутствует штамп о постановке на воинский учёт? Во время проверки документов перед самолётом меня пропустят или нет?

Конечно. Вы можете и даже обязаны сняться с воинского учёта, если пмж за границей(как пример того, что это не препятствие для пересечения границы), к тому же можно вылетать по заграну, где этот штамп не предусмотрен