Кто знает точно, пропускают ли в Латвию через Эстонию с шенгенской мультивизой С и паспортом гражданина одного из стран СНГ или можно только через границу РФ/Латвия?

Там вроде главное чтобы не паспорт РФ был

Все ограничения введены для пасп рф с визой С. Других паспортов они не касаются.

Если соберётесь ехать чр Эстонию, имейте в виду, что могут попросить показать наличные деньги по €177 /чел/день в Эстонии, страховку, лучше нероссийскую и план поездки (билеты) чтобы сроки пребывания в Эстонии подтвердить.