У меня транзит в Афинах. Дальше я лечу в Швейцарию теме же эгейскими линиями Интересует нужен ли паспортный контроль в Афинах или его проходят в Ереване

В Афинах будет в любом случае. Как вы рассчитывали в Шенген въехать без паспортного контроля?

И в Ереване, и в Афинах будет паспортный контроль. Далее переходить на рейс до Швейцарии внутренними рейсами ЕС