Можно лететь в Базель с французской визой?

Можно. В очереди на паспортный контроль скажите человеку, который распределяет очередь, что нужен французский штамп на французскую визу. Он покажет, в какое окошко вам надо идти с паспортом. После получения багажа выходите во французский коридор