Папа живет в Вильнюсе (гражданин Украины), хочу поехать его навестить из России (гражданка России), как это можно сделать? Можно ли подать на визу с учетом того, что папа в Литве?

Нет, папа - гражданин Украины живет в Литве - это не основание ни для получения визы Литвы, ни для въезда туда через внешнюю границу, если вы старше 18 лет.

Единственный способ: получаете шенгенскую визу третьей страны, например, Франции или Италии и едете в Литву опять же не напрямую, а въехав в Шенгенскую зону через третью страну, а оттуда уже можно в Литву.