Подскажите пожалуйста, поеду в японию с девушкой, пакет документов можно вместе подать или лучше раздельно?

Можно вместе. В чем вы видите проблему?

Если подаетесь в Москве, то у вас только маршрутный лист будет одинаковый, все остальные документы персональные. Разложите в две стопки строго по порядку, а талончик берите один и подходите вдвоем.