У меня вопрос: если приняли документы на визу в Японию и сказали приходить забирать 5го числа, то там может быть отказ? или как это работает?

Вы идёте забирать паспорт, а не визу(Да, звучит странно, но на уведомлении написано, что оно не гарантирует получение визы), в случае, если к вам будут какие то вопросы - могут позвонить, увеличить срок рассмотрения или вовсе ничего не говорить и получить отказ с баном на 6 месяцев, но если с документами всё хорошо - думаю не будет проблем. Как правило со спорными территориями (Украины/Крым) такие проблемы , ну или тем, кто подделывает документы