Я гражданка РФ. Также у меня есть второе гражданство кыргызское. В данный момент я нахожусь в Кыргызстане.

Одно и тоже каждый раз. Вылетаете вы по чем угодно, но если надумали пройти паспортный контроль в РФ по загран паспорту РФ будет готовы объяснять где штамп о убытии. Если по внутреннему то да прокатит. Только ещё одно маленькое, но озаботьтесь что бы на внутреннем паспорте РФ вас не разделяло лет двадцать с фото иначе потребуют ещё документы для подтверждения личности, а хотят они видеть загран.

@Alexey: Спасибо большое за объяснение деталей очень важно! еще хочу уточнить, если я покупаю билет по внутреннему паспорту России, проходя паспортный контроль в Кыргызстане, обычно спрашивают регистрацию, но так как я получила гражданство Кыргызстана, я могу просто предоставить ID моего внутреннего паспорта и я могу без проблем пройти на основании ID паспорта, а не регистрации таможенный паспортный контроль? Буду очень благодарна за ответ,а то предстоит покупать билеты

@Irina: Тут о этом много раз написано, какой паспорт не подай на контроле они всё прекрасно видят что у вас есть. Сейчас в РФ улетал по заграну РФ, понадобилось сделать одну бумагу в КР, а мне нет извините вы выехали заочно никак.

@Irina: если у вас два паспорта КР и РФ, то въезд/выезд в/из КР по документам гражданина КР въезд/выезд в/из РФ по документам гражданина РФ