Подскажите, пожалуйста, правильно понимаю, что в музей The Making of Harry Potter в Токио можно попасть только предварительно купив билет на сайте и только на определенный слот?

Да. Пускают строго по времени. Если будут свободные в наличие но обычно это на вторую половину дня и это бывает не всегда (конец года в 24м расхватали). По уму идти надо часов на 6. Потому лучше ловить как начинают выкладывать.