Можно ли въехать в Кыргызстан по загранпаспорту( например из Турции), а выехать в Россию по внутреннему российскому?

Да

Нет, нельзя. Базовое правило пересечения любой границы. По какому документу вы в страну въезжаете по такому вы должны ее покинуть.

Въезжал по загран паспорту КР, выезжал по внутреннему КР. Пограничники долго искали в базе, старшый смены пропустил.

Можно

Можно, если из Турции вы будете использовать загран РФ а из Кыргызстана в РФ внутренний паспорт РФ