Планируем с австрийской шенген визой по земле на машине устроить такой маршрут: Австрия -> Словакия -> Чехия.

Легко. Мы с мужем ездили и на поезде из Нюрнберга(Германия) и из Линца или из долины Вахау на машине в Чесько Будиевице . Никого на границе не было.

В чехию нельзя только через внешнюю границу Шенгена, а в вашем случае нет проблем, просто если в словакии или чехии вас остановят погранцы для внутренней проверки виз, будьте готовы доказать, что в Австрии вы провели больше времени

Плюс у вас должны быть биометрические паспорта (которые на 10 лет)