Подскажите, пожалуйста, по возвращению из Японии. Реально надо часа за 3 приезжать в аэропорт? потому что проверяют весь багаж. И как сейчас с вывозом долларов сверх 100 000 иен?

Там регистрация будет с толпой китайцев, у которых будет багаж, чемодан, саквояж и далее по списку. Поэтому в ваших интересах прийти раньше. По поводу 100к йен - японские таможенники джентльменам верят на слово.