Меня интересует перелёт Лима - Гавана - Москва. При прилёте в Гавану из Перу спрашивают прививку от золотой лихорадки и/или что-то другое? Можно из аэропорта выйти в город свободно? Что нужно для успешной пересадки в Гаване?

Не спрашивают. Нужна лишь заранее заполненная форма dviajeros

Я так понимаю, что вопрос теоретический? И билетов у вас нет? Тонкость состоит в том, что влетаете вы из Перу в аэ Гавана, а вылетать в Москву можете из аэ Варадеро. Во всяком случае весной--летом -осенью рейсы такие. Сейчас - не знаю. С некоторой высокой вероятностью вам нужно будет переночевать на Кубе. Я так делал и при полете туда, и при полете обратно. Рейсы не каждый день и у Latam и у наших авиакомпаний. Гавана- аэ Варедеро и обратно я ездил на такси. Оно от $70 до $150. При наличии времени и языка можно доехать за $50. Примерно 2 часа дороги.