Получили французский шенген на 3 месяца, после его окончания снова планируем подаваться через Францию.

Не повлияет

Срок вообще неизвестно от чего зависит. Критично - вряд ли. Французы не отслеживают использование своих виз.

Для французов - вряд ли критично будет. Вот пограничнику в зависимости от того, в какую страну въезд планируется - возможно, придётся всё аргументировано объяснять