Надо ли на стойке в Шарме оплачивать места рядом в самолете до Москвы или можно в паспорт положить денег, чтобы вместе посадили?

Если не в конце регистрации и паспорта вместе подать, то без проблем дают места рядом.

И так посадят, просто попросите

Не нужно в паспорт класть деньги, просто все паспорта на регистрации вместе предъявить. Ну, и самим вместе подойти. Летаю много лет, ни разу отдельно не сажали.