Подскажите пожалуйста, если из Польши выезжаешь с украинским биометрическим паспортом, а в Белорусь уже из заграничным РФ, будут ли проблемы?

Возможно.

Поляки ставят отметку о выезде из ЕС в паспорта.

Пограничники как минимум удивятся тому, что в паспорте РФ у вас ничего не будет и попросят показать реальный документ, по которому вы выезжали из ЕС.