Подскажите, а если транзит через Эстонию, потом еще через Турцию, страховку делать на все страны либо просто на шенген?

Можно только на Эстонию. Но лучше, конечно, на время всей поездки. Пусть лучше не понадобится.

Транзит у вас по каким основаниям?(документы) ?

У вас должна быть действующая страховка на все время путешествия в Шенгене и за его пределами.