Как лучше сделать, купить карту welcome suica онлайн или по факту? И в этих обоих случаях возможно ли оплатить российскими картами?

Онлайн ее не продают. Невозможно. Бесплатно дают в автомате в аэропорту при вносе кеша. При переезде между Токио и Киото не пригодится. Во всех остальных случаях - да. Если расчитываете на такси - разоритесь.

На всякий случай, осталась одна единственная карта АТБ банка с UP, которая работает в Японии

Можно взять или велком карту в аэропорту, она будет бесплатная, но на 30 дней всего, или обычную почти на любой станции, но там будет залог в 500 йен. По функциям они идентичны абсолютно. Работает только на общественный транспорт внутри города, если можно так сказать. Ещё можно платить как банковской, но мне это буквально один раз пригодилось.