Подскажите, как такое могло случиться, заказал повторное свидетельство о рождении бабушки, у нее оба родителя указаны евреи, но сама бабушка во всех документах числится русской?

В определенный период времени можно было договориться о том, какую национальность указать и многие евреи так делали, что бы не было проблем в жизни. В таких случаях надо доказывать родственную связь с задокументированными евреями

Может быть еще так что документе ошибка. Когда данные оцифровывали из ЗАГСа наделали кучу ошибок. Национальность и фамилия - легко могут быть не те. Это по моему опыту реальном.

Сотрудник МФЦ звонит в ЗАГС и выясняет это, потом запрос на изменение данных или сразу запрос. Тогда они в ручную поднимают архивы и если ошибка то вносят в базу изменения и далее делают вам корректный документ. Если там и правда ошибка.

В данном случае запрос платный, а новое свидетельство кажется бесплатное.