Визовые центры для подачи на испанскую визу находятся только в Москве и в Питере?

Нет.

Два консульских округа- питерский с ВЦ в СПб, московский с ВЦ в городах: Самара, Казань, Нижний Новгород, Екатеринбург, Ростов-на-Дону, Новосибирск, Москва.

Вы можете подаваться в любой город своего консульского округа

Об этом есть инфа на сайте ВЦ( с адресами) и описанием по каким критериям определяется принадлежность к консульскому округу( это может быть не только прописка)