Если ехать поездом до Астаны с пересадкой в Петропавловске, на пересадку есть 2 варианта: 1ый всего 12 минут, 2ой несколько часов, лучше не рисковать и взять с запасом?

Да, конечно. Зимой из-за погодных условий (замело пути, обледенела контактная сеть, и т.д.) поезда могут задерживаться

Летом два поезда приехали в Петропавловск в одно время, ходя должны были с разницей в 6 часов. Причем оба задержались.

Мы брали с запасом. По Казахстану есть погрешности. Поезда ходят не точно по времени