Скажите пожалуйста, где лучше перейти границу утром от Шеньчженя в Гонконг и вечером обратно и каким транзитом и так далее все нюансы? Первый раз в Китае

Где вам удобнее там и переходите. Разницы особой нет. Можете на пароме сразу в центр Гонконга приплыть. Можете на поезде. Можете на метро. Только автомобильный переход лучше не использовать.